扁桃体是免疫器官。扁桃体含有各种淋巴组织，当机体受到各种细菌或病毒感染时，可以调用扁桃体周围的淋巴细胞分泌抗体，增强机体抵抗力，使机体能抵御细菌或病毒感染。
由于扁桃体位于口腔内，而口腔又是机体饮食和呼吸的第一个部位，所以外界食物或空气内的细菌经常会带到咽喉部。扁桃体如果发现细菌，会组成身体的第一道天然屏障，增强抵抗力。
但是扁桃体的免疫作用仅在儿童时期，即6-7岁之前较明显，6-7岁之后扁桃体会逐渐萎缩，特别是成人之后，扁桃体的免疫作用会消失。因此，如果成人扁桃体经常出现反复感染，临床医生通常建议切除。
