耳根阵疼的原因比较多，分析如下：

1、感染：如果是急性发生的，首先考虑是不是局部感染，如皮脂性堵塞后容易形成皮脂性囊肿，就会发生感染，这是最常见的原因；

2、免疫力下降：劳累、疲劳、免疫力下降后，也会出现耳根阵痛，这种情况考虑是神经痛。因为耳根或者耳后部有个神经节叫耳后神经节，这个部位经常会有视神经病毒潜伏，包括疱疹病毒、巨细胞病毒等，因此在劳累、疲劳、免疫力下降以后，病毒就会活跃起来，出现神经发炎和神经痛的症状；

3、中耳炎：若中耳炎经常发生会变成慢性中耳炎，也会在免疫力下降、中耳进水或者污染局部耳部后，出现复发或者中耳炎急性发作，这种情况下也会影响到耳根，出现耳根阵疼。