喝咖啡打嗝是因为刺激膈肌痉挛引起的，在胸腔和腹腔之间有像帽子样的厚厚的肌肉膜称为膈肌，膈肌将胸腔和腹腔分隔开，和身体的其他器官一样，膈肌也有神经分布和血液供应。
喝咖啡后其中的咖啡碱刺激胃黏膜，导致胃黏膜充血、水肿，损伤胃黏膜屏障，还会刺激胃酸、胃蛋白酶的分泌，更加重了胃黏膜的损伤，从而刺激膈肌神经。当引起打嗝的诱因，刺激传导给大脑以后，大脑发出指令导致膈肌痉挛，便可能出现打嗝的情况。
除此之外，咖啡可以使胃肠蠕动减慢，进入胃肠的食物经发酵而产生过多的气体，逆流而上引起打嗝。此外，打嗝最多见的是由于消化不良，或者是胃炎、胃溃疡等疾病引起，也可能是由于吃了刺激性的食物引起，比如饮酒、喝浓茶、吃生冷刺激性食物等。在日常生活中，要注意避免饮浓咖啡，不要暴饮暴食，不要喝酒以及浓茶等。
