高三的学生头痛，要根据不同的病因进行不同的处理，具体如下：

1、焦虑障碍：如果高三的学生头痛是由于压力比较大所引起，有焦虑障碍，建议可以应用抗焦虑的药物治疗，如文拉法辛、欣百达(度洛西汀)。同时进行心理疏导的训练，还需要家人、同学老师的关爱和支持；

2、偏头痛发作：如果学生的头痛是偏头痛发作引起，如果发作不算频繁或1个月＜2次，或者每1次发作＜48小时，建议急性期的治疗给予曲普坦类的药物治疗，如利扎曲坦、舒马曲坦。或者使用非甾体消炎镇痛药，如酚咖片、布洛芬、散利痛(对乙酰氨基酚)等。如果学生发作比较频繁，建议应用预防用药，如西比灵(盐酸氟桂利嗪)、妥泰(托吡酯片)等预防治疗；

3、失眠：如果学生的头痛是失眠引起，建议给予适当休息和放松，给予充分睡眠，经过这样的放松、休息和充足睡眠，头痛的症状也会明显缓解。