主动脉缩窄手术的主要后遗症是手术临近区域的动脉血管狭窄或者闭塞。主动脉弓发出了非常重要的三根血管，这三根血管是为头、胳膊供血的，叫头臂动脉、锁骨下动脉和颈总动脉。这几根血管又发出不同的分支，为胳膊、椎动脉、颅内颈内动脉、颈外动脉等供血。在主动脉弓存在狭窄、缩短的基础疾病时，可能会累及到这几根血管。此外，手术过程中也可能涉及到这些血管。
部分主动脉缩窄患者本身除主动脉地方缩窄，其它大血管也可能存在同样的问题。这些血管若狭窄或闭塞，可导致其对应供血组织器官缺血，如胳膊供血不够，可能从脑部为胳膊供血，称为盗血或者窃血。头颈动脉若狭窄、闭塞，会出现脑供血不足，甚至脑梗死。
