男性可注射HPV疫苗，但目前由于HPV疫苗主要针对女性，为预防相应高危亚型的人乳头瘤病毒持续性感染，导致宫颈癌以及癌前病变发生。注射HPV疫苗主要预防宫颈癌前病变、癌变发生。此角度而言如果男性注射疫苗，益处较少，由于男性无宫颈构造，并不涉及宫颈癌变。如果男性注射HPV疫苗后，对于防止由于高危亚型感染而导致的男性生殖器官的肿瘤，有一定价值。但由于男性生殖器官表面鳞状上皮较厚，较难被HPV持续感染导致癌变而发生意外。

男性可通过注射HPV疫苗免受高危亚型的HPV感染，未来对于性伴侣有保护作用。目前四价疫苗、九价疫苗除针对高危亚型外，还会针对低危亚型，如HPV6和HPV11。如果感染上述两种亚型，将会导致出现尖锐湿疣。如果男性注射此类HPV疫苗后，可以减少多数由于HPV6和HPV11型感染而导致的尖锐湿疣发生。