上呼吸道感染可由细菌引起，也可由病毒引起。引起上呼吸道感染的病毒有200多种，引起上呼吸道感染的常见病毒包括有鼻病毒、冠状病毒，腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒等。上呼吸道感染有70%-80%是由病毒感染引起，20%-30%是由细菌感染引起。
细菌感染可以单独发生，也可以继发于病毒感染，也就是在病毒感染之后发生。引起上呼吸道细菌感染的细菌主要是口腔定植的溶血性链球菌，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。在上呼吸道感染时，应仔细分辨，根据临床表现、体征以及实验室检查进行相关鉴别。有细菌感染存在时，可应用抗生素进行治疗。
