从医学而言，怀孕36天就是从第一天开始算起停经36天的时间。如果平时的月经周期是在28-30天的女性，从末次月经第一天开始算起，怀孕36天即孕5周+1天的时候，属于早期妊娠的范畴。

通过超声检查，可能发现宫腔内直径是在1cm以上的妊娠囊存在。必须通过超声检查明确诊断为宫内孕之后，才可以考虑进行人工流产手术。

但是由于每个女性的月经周期、排卵时间，可能都会有差异。所以可能在停经刚36天的时候，通过超声检查，发现宫腔里面只有0.3-0.4cm的液性暗区，甚至可能还没有看见宫腔里的液性暗区，没有办法明确诊断为宫内孕。

不能够明确诊断为宫内孕的时候，就意味着可能会有异位妊娠的存在，即宫外孕的存在。而宫外孕的时候，没有办法通过人工流产手术操作来终止妊娠。所以必须要继续等待1周左右的时间，再一次通过超声检查而明确为宫内孕。除外异位妊娠之后，才可以考虑进行人工流产手术。

除此以外，不仅对超声结果有一定的要求，而且在进行人工流产手术之前，还应当除外盆腔炎、宫颈炎和阴道炎，以及血液系统等炎性疾病的发生。

当存在着上述炎性疾病的时候，如果贸然进行人工流产手术，将可能导致严重的扩散，严重威胁到孕妇的生命安全。

所以在怀孕36天的时候，是否可以进行人工流产手术，还需要结合每个人不同状况，需要结合超声、妇科内诊的检查结果、血常规以及阴道分泌物白带常规等一系列的检查项目之后，才能够做出因人而异的不同决策。