外科治疗便秘主要针对顽固性便秘。手术绝大部分情况称为结肠次全切除，即无功能的肠部90%被切除，留下很短的一个通道，对顽固性便秘手术治疗的效果较佳。

便秘是一个良性疾病，绝大部分情况无需手术。但多年的便秘，尤其是未经医院内系统、规范治疗的便秘，自行购药服用，特别是一些刺激性药物，可能开始有效，但会进一步影响肠道蠕动功能，此类患者即为顽固性便秘，服用各种药物效果均不佳。肠镜手术后可观察到结肠病变，颜色变黑，部分患者在肠镜上可观察到豹纹征，即肠部正常情况较红润，但此时变成豹皮样。