胃肠道间质瘤较晚期患者会出现骨转移。通常会出现在一些血供较丰富部位，如腰椎、肋骨骨转移。通常出现骨转移后患者主要表现为疼痛，如腰背部疼痛，这种疼痛为持续性的疼痛，不可自行缓解，而且有的时候会随着体位改变加重疼痛。

出现骨转移后治疗以内科靶向治疗为主，有些患者可能会出现溶骨性改变。如果出现腰椎的溶骨性改变要特别重视，可能会出现压缩性骨折，出现压缩性骨折以后会挤压脊柱、脊髓，出现截瘫的情况。这些患者可能还要进行放疗或骨保护剂治疗，减缓肿瘤溶骨性改变，避免压缩性骨折发生。