生化妊娠流产的原因现在还不是很清楚，只能推测可能和自然流产原因一致，具有以下几点：

一、胚胎原因：

最常见的是由于胚胎本身染色体异常或者受精卵存在缺陷，就导致了胚胎发育停滞，而致使流产。

二、孕妇原因：

1、非心理因素：本身存在卵巢黄体功能不足、孕酮分泌不足，子宫内膜不能够很好的提供孕卵着床而发生生化流产。还有就是本身子宫的因素，如子宫发育不良、子宫纵隔、双子宫等或者本身子宫有一些疾病，如黏膜下子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连或者宫腔内的内膜结核，这些疾病都会影响到孕卵的着床，而致使生化流产；

2、心理因素：还有是孕妇本身精神过度紧张，存在严重焦虑、心理压力过大，也会引起生化妊娠而流产。

生化妊娠流产在某种意义上，实际上是优胜劣汰、自然淘汰的过程。在碰到这种情况一般不需要紧张，大部分的在第二次还会正常的妊娠。但是如果经常发生生化妊娠，需要及时的到医院去检查。