矮小症有非常重要的原因，是垂体生长激素分泌不足。垂体是位于大脑正中内分泌最重要的器官，下丘脑和垂体是紧紧挨在一起，所以常规怀疑矮小症时要做下丘脑和垂体的检测。对垂体和下丘脑检测最敏感的检测方法是磁共振，但不是所有的医院都具有磁共振这样检测设备。

如果没有，可以采用鞍区的CT来进行代替，但分辨率比磁共振略微差一点，不过也可以排除严重的下丘脑和垂体的占位性病变。所以如果没有磁共振的医院，可以通过鞍区的CT来排除下丘脑和垂体的严重的占位性病变，和其它原因所导致的下丘脑垂体破坏。