小肠镜检查的住院时间根据病因不同而有所差异，单纯的小肠镜检查通常只需1-2天即可完成。而在检查过程中，医生会评估小肠有无病变，包括不明原因的消化道出血、不明原因的腹痛以及特殊疾病，如家族性息肉病、PJ综合征等。此时还需完善其他原因，如患者存在不明原因的消化道出血，除小肠镜外，还需进行胃镜、肠镜的初步筛查以及腹部CT甚至小肠CT，可能还需要进行核素检查。
若上述检查无法明确诊断，则可能会采取小肠镜检查。小肠镜分为经口小肠镜及经肛小肠镜，不同医院所进行检查的方式存在区别。在部分医院中，经口小肠镜与经肛小肠镜可在1天内完成，但多数医院会分2次完成，所以小肠镜的单纯检查在1-2天即可完成。但若患者需进行其他检查，则时间可能会有所延长。
