沙眼衣原体出现的非淋菌性的尿道炎，目前是临床上比较常见的尿道炎的种类。治疗推荐的药物，患者可以通过口服的药物，比如单次的阿奇霉素的治疗，也可以通过序贯治疗，比如连续口服红霉素、罗红霉素，或者大环内酯类的抗生素治疗，也可以获得比较好的治疗效果。
如果没有，也可以选择喹诺酮类的抗生素，比如氧氟沙星、左氧氟沙星或者莫西沙星，这类喹诺酮类的药物也可以获得比较好的治疗效果，这是对沙眼衣原体引起尿道炎，常选择的药物治疗种类。
因为衣原体或者沙眼衣原体，是最小的非细胞壁的小的微生物，是目前所知道的在细胞外生存的最小的微生物，没有细胞壁的结构。
所以常规的抑制细菌细胞壁合成的抗生素，对治疗没有效果，比如常见的青霉素或者头孢菌素类的药物，对于沙眼衣原体这种微生物，没有治疗效果，所以一般不采用这样的药物治疗。
