内镜黏膜切除术主要适应症是消化道早期肿瘤，比如早期食管癌、早期胃癌、早期结肠癌，以及部分消化道巨大息肉，此类手术要求较精细，操作时间因人而异，因部位而异，一般会控制在2-3小时内，而熟练的医生可能半个小时甚至十几分钟就可以完成手术。

此外，手术时间的长短因不同部位而不同，食管和结肠部位肿瘤比较好操作，胃部血运比较丰富，出血较多，一旦出血，结构则会分不清，所以为了安全医生操作会谨慎，手术时间会比较长。