会厌囊肿手术属于耳鼻喉科较为常规手术，总体而言手术风险较小，术后可能会出现咽部不适感、轻微咽痛、会厌囊肿复发可能。由于会厌位置较为表浅，手术中通过支撑喉镜，经过口腔插人到会厌表面，使会厌囊肿充分暴露，可以选择剪刀进行切除，之后电凝止血即可。部分患者也可选择等离子射频消融，切除会厌囊肿。
通常需要考虑的风险是患者本身是否有基础疾病，如果患者本身较为肥胖、颈部较短，插入喉镜时颈部处于过伸状态，可能会存在插管困难，易在手术中损伤口腔黏膜。此外，由于需要在全麻下进行，如果患者本身有高血压、心脏病等疾病，麻醉风险会有所增加，需进行充分术前评估，明确患者是否能够耐受全麻手术。
