急性扁桃体炎一般最常见的是因为细菌感染导致的急性化脓性扁桃体炎，因为感染的细菌多数是链球菌，所以首选的治疗药物是青霉素类的药物，如阿莫西林口服。治疗疗程一定要够时间才能有效预防复发，疗程不够有可能会导致急性化脓性扁桃体炎下次容易复发。
另外，急性扁桃体炎如果是非化脓性急性扁桃体炎，常和病毒感染有关系，如感冒病毒。这种情况下一般不需要用药治疗，只要注意好好休息，一般急性非化脓性扁桃体炎的炎症，会在1周左右逐渐缓解和自愈。
如果咽痛明显，可以适当使用解热镇痛剂，如布洛芬或对乙酰氨基酚临时口服，一般不建议连续使用超过3天。然后观察几天，急性咽喉炎、急性扁桃体炎的炎症就会逐渐消退，疼痛就会逐渐缓解。所以对于急性扁桃体炎，要根据致病因素的不同采取不同的药物，来控制感染，改善症状。
