肾脏隐痛往往更多见于肾后性因素，即因为肾盂、输尿管、膀胱病变引起的疼痛更为多见。而肾盂、输尿管、膀胱引起的疼痛最常见于肾结石、肾结核、多囊肾，包括输尿管、膀胱梗阻。肾小球病变往往出现在患有急性肾炎或者肾小管间质病变时，可能部分患者可出现隐痛。而包膜出现病变，肾周囊肿的患者同样会存在隐痛感。因此需要针对不同的原因进行治疗。
因为肾脏内并无神经支配，隐隐作痛则说明肾脏的包膜受到刺激。如果存在包膜脓肿即进行抗脓肿治疗，而如果内容物增多，则针对内容物进行治疗。有的患者则是由于输尿管、膀胱梗阻以及结石积水以后引起的隐隐作痛。实际上有很多患者导致其肾脏隐痛的本身并不是肾脏问题，而是由于腰痛、肌肉、腰椎病变、肺部胸膜炎引起。并且妇科疾病、生殖系统方面疾病，同样有可能导致患者肾区出现隐痛。
