女性后腰两侧的肾区疼痛，往往见于两大类原因，具体如下：

1、泌尿系结石：一类是真正的肾脏区域疼痛，多见于泌尿系结石，可能是双侧输尿管结石导致，但这种在临床上相对少见，一般做泌尿系的CT平扫就可以得到很好的诊断，这类患者往往在尿常规中有大量红细胞，而且双侧的肾脏区疼痛可能会比较重，严重者可能会伴有恶心、呕吐，甚至可能出现肉眼血尿，及尿频、尿急、尿痛这一系列症状。如果诊断是输尿管的结石，根据结石大小、位置、形态、是否合并感染，就可以进行分类治疗，比如药物方法排石或者体外冲击波碎石，或者做微创手术帮助排石；

2、腰部肌肉损伤：女性后腰肾区的疼痛，可能见于腰肌劳损和腰肌筋膜炎，在骨科常规可能会做腰椎的正、侧位片子，和腰椎的疾病做鉴别，除外腰椎疾病以后，确定是肌肉引起的疼痛，可以口服芬必得这类解热止痛药，或者是外敷具有止痛作用的药膏进行治疗。