肝癌的经典标志物不在肝功能化验指标中，其经典标志物是甲胎蛋白、癌胚抗原、CA19-9，以及γ-谷氨酰转肽酶同工酶。上述指标都与肝癌有联系，但其中最主要的肝癌标志物是甲胎蛋白，英文缩写为AFP。
经典传统的肝功能检查中，包括白蛋白、总蛋白，以及转氨酶，即谷丙转氨酶和谷草转氨酶，以及胆红素，上述指标与肝癌没有明显的关联性。
白蛋白反映肝脏合成蛋白质的功能，转氨酶主要体现肝脏炎症活动程度，胆红素反映肝脏储备功能。肝脏功能越差，胆红素越高，如果发生肝功能衰竭，胆红素水平处于较高的范围，但上述指标通常与肝癌没有明显联系。
肝癌的诊断除参考肝癌标志物外，更重要的是要有影像学依据，包括超声、CT、核磁。如果从肝脏里面找到占位性病变，同时患者肝癌标志物升高，非常有助于肝癌的诊断。
