甲钴胺即维生素B12，长期服用的副作用较小，因为每个人每天都需要一定量的维生素B12，每日需要量为1-2μg。部分患者可能会出现某些副作用，但是比例非常低，副作用比例大概占0.96%。个别患者可能会出现过敏性皮炎，部分患者可能会出现食欲不振、消化不良、腹胀等消化系统的问题。副作用的发生率比较小，而且很少带来非常严重的副作用。
正常人每日需要1-2μg的维生素B12，维生素B12的吸收主要通过胃底的胃壁细胞分泌的内因子结合后，在回肠末端进行吸收。因此部分长期饮酒的患者或做了胃部手术以及回肠手术的患者，更应该长期服用维生素B12，保证每天正常维生素B12的需求。部分周围神经病变、贫血的患者应当进行适当的补充维生素B12，比如周围神经病、周围神经损伤以及因维生素B12缺乏所引起的巨幼细胞贫血等，都需要大剂量甲钴胺的补充。
