肥厚型梗阻性心肌病的治疗核心是减少梗阻、降低流出道压差，以减少猝死。同时对肥厚本身造成的心衰、心肌缺血进行一些药物治疗，同时做一些对心律失常的治疗。

肥厚型梗阻性心肌病最主要的治疗核心，还是对梗阻的治疗。梗阻的治疗分成两类，一个是药物治疗，一个是手术治疗。通常先进行药物治疗，如果有梗阻时，选用β受体阻断剂，比如倍他乐克、琥珀酸美托洛尔、比索洛尔，来减低流出道梗阻、降低流出道压差，缓解症状。如果用了药物，药物用到最大耐受量，但是仍然还有症状，左心室的流出道压差还是比较高，这时候其实没有解决问题，猝死的风险还是比较大，也没办法正常生活，这时候可能就需要考虑到手术治疗。

如果流出道压差在50mmHg以上时，认为是重度梗阻，如果药物仍然不能解决这个问题，就考虑用外科手术的方法，把肥厚的心肌切掉一部分，让肥厚的心肌变薄，以解除流出道的梗阻。或者用内科介入手术的方法，做化学消融，把室间隔人为地造成一部分坏死，或者做射频消融，把肥厚的心肌变薄。其他的治疗，包括缓解心绞痛、心衰，就使用一些利尿剂、普利类或沙坦类的药物来治疗心衰。同时如果有房颤，需要做抗凝治疗和射频消融治疗，以解决心律失常的问题。