宝宝晚上睡觉咳嗽严重，应依据病因的不同而进行不同的处理：

1、可能提示宝宝存在严重的感染，一定要到医院进行就诊并及时进行抗感染药物的治疗。还可以通过雾化吸入缓解咳嗽，因雾化可以稀释痰液，使黏稠的分泌物容易咳出。同时妈妈可以将宝宝晚上睡觉的环境进行处理，比如调节室内温度，使宝宝处于室内温度较适宜的环境中；

2、入睡前的进行通风处理，避免接受到尘螨、粉螨等过敏的刺激物。同时要避免部分毛绒玩具、宠物或新入的家具存放在宝宝睡眠的房间，防止晚上睡眠时呼吸到刺激物，而引起咳嗽的加重；

3、同时入睡前避免宝宝喝过多的奶，防止出现胃食道反流，而引起咳嗽加重。