慢性呼吸衰竭最常见、最重要的病因是慢阻肺，有些长期吸烟的患者特别容易出现慢阻肺。慢阻肺就是肺功能逐渐下降，随之会出现呼吸衰竭，也就是肺功能已经不能有效提供氧合。
其他的原因包括支气管哮喘急性发作可能引起急性呼吸衰竭，但其引起慢性呼吸衰竭的原因是哮喘未得到有效控制发展为慢阻肺。即慢阻肺的原因是慢支和哮喘这两种疾病，最后都可能导致慢阻肺从而引起呼吸衰竭。
其他包括感染性疾病，像支气管扩张的患者也可能会因为反复感染影响肺功能而出现呼吸衰竭。还有就是肺部病变或胸廓病变，像肺间质纤维化引起呼吸衰竭就是因为肺间质增厚后气体交换出现问题，可能最早表现为Ⅰ型呼吸衰竭，胸廓畸形患者因为该病影响脑循环也容易出现呼吸衰竭的情况。
还有就是胸膜较固定，特别是较重的结核性胸膜炎形成了胸廓固定导致呼吸功能下降，也容易引起慢性呼吸衰竭。
