扁桃体角化症的发病原因不明确，但经常由扁桃体的慢性炎症持续不愈所导致。在慢性炎症的早期可以针对病因进行去除，如果能有效去除病因，一般有可能逐渐恢复。
如果扁桃体角化症时间较长且角化相对严重，一般需要通过手术切除扁桃体来达到治愈的目的。扁桃体角化症如果在早期发现，一般考虑去除病因来进行适当治疗，扁桃体角化症常和慢性扁桃体炎有关。
慢性扁桃体炎的常见原因，和胃酸胃液反流刺激导致的反流性咽喉炎有关。大多数反流性咽喉炎的患者可以没有明显的反酸等自我感觉，因此得不到及时有效地治疗而易持续存在，从而导致扁桃体慢性炎症迁延不愈，时间过长有可能形成扁桃体角化症。
当发现扁桃体角化症的情况，要注意排查胃酸胃液反流的因素，必要时使用抑制胃酸的药物进行治疗，才能取得好疗效。
