杀灭幽门螺杆菌常用的方法是四联疗法，一般包含一个PPI制剂，或者H2受体阻滞剂，加2种抗生素，加一个铋制剂，疗程是10-14天，对于幽门螺杆菌感染的清除率在93%以上。
常用的治疗方案有奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑，或者盐酸雷尼替丁，或者法莫替丁，加克拉霉素、阿莫西林、枸橼酸铋钾，或者2种抗生素可以换为呋喃唑酮加四环素，四联疗法的治疗方案，可以根据患者的情况而定。
因为四联疗法的副作用比较大，需要因人而异，比如有些病人应用阿莫西林后，有过敏的情况，可以将阿莫西林换为呋喃唑酮加灭滴灵，或者是克拉霉素。反应比较重的患者，也可以改换为呋喃唑酮加灭滴灵等治疗方法。有些人通过四联疗法后反应比较大、副作用比较明显，有些人反应比较轻微、副作用比较小，如果反应特别大的患者，可以更换药物，或者由三联药物改为四联疗法治疗。如果副作用小，一般情况下大多能够忍受。
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