晨起后头疼有多种原因，具体如下：

1、部分人群患有高血压疾病，若血压控制不理想，尤其是服用的药物不能有效缓解高血压后，患者会出现夜间血压升高，进而会导致头疼发作；

2、体重超重的人群多会存在睡眠呼吸暂停综合征，患者在睡眠时会出现上呼吸道堵塞、缺氧。由于憋气会导致身体代谢产生的废物无法呼出，使大脑内的二氧化碳含量升高，进而引起颅压增高，引起患者出现晨起后头疼。