婴儿查过敏原，最常用的方法是抽血检查特异性IgE。这种检查通过评估特异性免疫球蛋白E这个指标，来确定过敏原是什么，这是主要的筛查方法。但这只是一个筛查手段，并不十分确切，因为这种测量存在误差。
更为确切的方法是针刺实验，即将某过敏原置于皮肤上，观察皮肤反应。这是相对准确的方法。但此方法存在缺点，一是有损伤性，婴儿不易接受。二是婴儿皮肤娇嫩，难以判断皮肤反应是由于局部皮肤刺激还是注射的过敏原所致。
因此，婴儿查过敏原，目前比较常用的方法还是抽血，检测IgE水平，再结合特定食物的特异性IgE水平，来判断是否对食物有过敏。
某些地方还查IgG，但这不太准确，因为IgG在过敏疾病中的作用目前尚有争议，且检测此指标的准确性不高。所以查过敏原时，应重视特异性IgE过敏原的检测，才是相对准确的方法。
