海绵肾是遗传性疾病，无法治疗，只能预防其并发症。因为海绵肾在临床表现为肾小管扩张，发现的时候肾小管中可能沉积大量的钙质，在CT上可以发现呈扇形的多发性的肾小结石存在。所以海绵肾的治疗主要是多喝水，促进钙质排出。
因为过多的钙质容易形成很多小的结石，在肾脏沉积，对肾脏的滤过功能是严重的影响。海绵肾是一种遗传性疾病，无法从根本上解决，所以只有多喝水，减少钙质的摄入，来抑制小结石的形成，才能阻止海绵肾的进展。
海绵肾预后一般比较好，可以通过多喝水，减少钙质的摄入，来阻止海绵性并发症的发生。但是如果海绵肾合并其他的病变，如肾小球肾炎、肾病综合征或者肾功能不全，其临床表现比单纯的肾病综合征、肾小球肾炎或者肾病综合征都要严重。
因为本身海绵肾，肾脏的肾小管可能有异常，肾小球也可能有异常，所以只要发现海绵肾的存在，就需要定期复查。
