幽门螺杆菌是一种感染性疾病，所以根治幽门螺杆菌要用抗生素和消化科常用的质子泵抑制剂、铋剂来治疗幽门螺杆菌。治疗幽门螺杆菌的药物首选PPI类质子泵抑制剂，质子泵抑制剂有埃索美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、奥美拉唑等，是不同代的质子泵抑制剂，临床上有多种选择。通常根据患者自身的情况，有些患者会有药物的过敏，所以需要规避一些相关的药物。
还有铋剂的治疗，铋剂的治疗通常是胶体果胶铋和枸橼酸铋钾，治疗也是根据医生的选择，因为铋剂是重金属，通常根据患者既往治疗的情况，有无相关肝肾损害的情况，再合并两种抗生素。抗生素的选择一定要优选针对患者耐药率最低，毒副作用最小，没有过敏史，没有耐药性的抗生素。
如果患者有青霉素过敏，一定要给患者进行青霉素的皮试，如果还是阳性过敏，就不能选择青霉素。排除青霉素之后再选择其它抗生素，但一定要优选耐药性相对低的，克拉霉素、甲硝唑、替硝唑等抗生素耐药率比较高，一般不优选，可以选择四环素，呋喃唑酮等耐药率比较低的抗生素来治疗。