扁桃体反复发作最好的根治方法是行扁桃体的摘除术。理论上虽然可以行扁桃体摘除术，但毕竟扁桃体是人体重要的免疫器官，尤其是对儿童，它是一个呼吸道的门户。
选择摘除扁桃体一定要权衡利弊，过早地摘除扁桃体会引起机体免疫力紊乱，或者外界污染的杂质、尘埃、病原体会直接侵入体内，造成呼吸道或肺部的感染。但是假如反复发作形成病灶，也应该及时行扁桃体摘除，权衡利弊是问题的关键。
所以平时做到积极地预防，才有利于控制扁桃体反复发作。患者在饮食上应以清淡为主，多食富含维生素的蔬菜、水果，避免辛辣、刺激性食物，控制烟酒，养成良好的饮食习惯。
此外，患者平时应该注意适度运动，以增强抵抗力，避免感冒发生，可以避免扁桃体急性、严重的反复发作，还可以采用生理盐水漱口，注意口腔卫生，也是预防扁桃体发炎的一个环节。
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