在临床上，注射用糜蛋白酶有多种应用，该药物适用于创伤或手术后的伤口愈合，以及局部水肿的抗炎治疗。另外也可以用于慢性支气管炎、气管炎及肺脓肿的扩张，对脓性或非脓性痰液的排出有一定的疗效。此外还可以用于眼科手术中，如松弛睫状韧带等。
注射用糜蛋白酶的使用，必须在医生的指导下进行。在经过医生规范的诊疗以后，并明确上述适应证的前提下，才可以按医生的处方指导应用。作为药用，此药应确保使用一定的剂量并持续一定的时间以后，才会产生疗效。作为患者，要按医生的指导用药。
在治疗过程中，出现不良反应或其他症状，应及时向医生、药师或护士反映，以便根据治疗情况，明确原因，并进行用药调整、剂量调整或其他规范的处理。
