通常情况下肺炎支原体经过2-3次潜伏期才会出现部分临床症状，但是1/3的病人并没有任何临床表现。肺炎支原体起病较为缓慢，发病初期可以表现为喉咙痛、头痛、发烧、乏力、肌肉酸痛、食欲减退、恶心、呕吐等症状。发烧一般不是高热，而是中等程度发热，2-3天后会出现呼吸道症状，主要表现为阵发性、刺激性咳嗽，晚上睡觉时比较多见，咳嗽咳痰，痰液较少，表现为少量黏液脓性痰，有时会出现痰中带血的症状，部分病人也可表现为呼吸困难、胸痛，发烧一般持续2-3周，体温正常以后可能还会有咳嗽表现，随着时间推移，及时治疗，症状都会逐渐缓解。
一般情况下肺炎支原体感染的用药疗程相比于普通细菌感染的疗程，时间要适当稍微延长，需要10-14天的疗程。无论口服还是静脉用药，时间均需要适当延长。在临床上如果碰到肺炎支原体感染，还要关注部分情况，比如夏天刚开空调，可能会需要关注此类情况存在，因为比较容易经过呼吸道吸入引起。
