精液呈咖啡色的情况多数患者可以自愈，临床将咖啡色精液的现象考虑为陈旧性血精，通常是由于精囊炎所致。精囊感染可造成精囊内出血，而陈旧性出血表现为颜色逐渐由鲜红转为暗红最终转为咖啡色，因此患者出现咖啡色精液实际提示为既往精囊炎陈旧性出血。多数患者经过数次排精将此前积存的陈旧血液逐渐排出后，精液颜色可转为正常。
然而如果患者反复出现鲜红或大量的出血情况，则考虑精囊炎反复发作。对于相对急性期、亚急性的炎症，建议患者使用抗生素进行治疗，以尽快减少血精的出现。尽管99%的患者是由精囊炎所引起的咖啡色精液，但也不排除少数患者存在精囊区肿瘤，因此如果反复出现血精症状，建议患者到医院就诊以排除严重疾病。
