肾小管治疗通常没有什么特效的药物，对于各种原因导致的肾小管的损伤，比如药物、毒物，或者是缺血缺氧导致的肾小管上皮细胞的坏死，主要是纠正引起肾小管损伤的因素。比如不要再服用导致肾小管损伤的药物，以及接触引起肾小管损伤的毒物，有低血容量的患者需要给予积极的补液，来改善肾脏的血供。
通常对于肾小管损伤，在去除这些诱因以后，往往可以自行恢复，也有一部分肾小管损伤没法修复，肾小管上皮细胞不能再生，这样的患者可能会长期遗留有肾小管损伤，最终会导致肾小管上皮细胞的萎缩，肾间质纤维化进展到终末期肾脏病。
但是临床上绝大部分原因引起的肾小管损伤，在去除和纠正导致肾小管损伤的诱因以后，肾小管的功能是可以恢复的。比如药物引起的肾小管上皮细胞的坏死脱落，在肾小管上皮细胞再生以后，肾小管的功能可以恢复。
