房间隔缺损和卵圆孔未闭最大的区别是一个属于先天性心脏病，另一个属于正常变异，这是两个明显的不同。而房间隔缺损这种先天性心脏病和卵圆孔未闭又有共同之处在于都属于房间隔有一个小缺口。两者主要区别如下：

1、外观表现和形成机制不同：房间隔缺损是由于房间隔没有发育好，导致没有完全闭合而出现缺口。卵圆孔未闭是因为上、下半部分的房间隔没有完全贴合而出现的缝隙，所以外观表现和形成机制上有明显的不同；

2、处理的方式、方法不同：两者处理方式和方法也明显不一样，一般房间隔缺损如果不能自己闭合，4岁以内不能够自然愈合，都要进行手术干预、介入封堵术、开胸手术。卵圆孔未闭一般在儿童时期不用特殊处理，因为在儿童时期卵圆孔未闭不算疾病，对机体没有危害，所以卵圆孔未闭一般不会处理。有些卵圆孔未闭在成人期会出现一些疾病，这时才进行干预，所以房间隔缺损和卵圆孔未闭还是差别比较大的疾病。当然在临床上有时很难区分，因为都属于房间隔上的小缺口。