卵巢囊肿不会引起月经不正常，对月经不会有太大的影响。但有部分卵巢的肿瘤，有内分泌功能，称之为功能性的卵巢肿瘤，因为能分泌女性的激素，所以会对月经有影响。
常规的卵巢囊肿对月经没有影响，月经主要受到卵巢激素周期性变化影响，所以月经是周期性改变，受雌激素和孕激素的影响，发生不同变化。特别是子宫内膜，在雌激素的影响下出现增殖期改变，在孕激素作用下发生分泌期变化。
当雌、孕激素分泌下降以后，子宫内膜得不到支撑，就会发生脱落，脱落的子宫内膜和血液混合而形成月经，所以月经的变化是受到卵巢周期性分泌雌、孕激素影响。卵巢囊肿本身不具有内分泌的功能，所以对月经没有明显影响。
