先天性心脏病部分患者有自愈的可能，比如动脉导管未闭。胎儿通过动脉导管供血给全身、下肢，动脉导管通常在患儿出生时就会功能性关闭，有些患儿由于各种原因，比如肺部病变、感染，或者动脉导管不能够及时关闭。观察三个月之后，如果动脉导管不能关闭，一般就不能够再闭合，以后可能需要接受治疗。
对于房间隔缺损，也有自愈的可能，取决于具体类型，继发孔型房间隔缺损可以自愈。如果超过一岁的房间隔缺损患儿还未自愈，大部分不能自愈。膜周部室间隔缺损或者肌部小室间隔缺损依然有自愈可能，80%-90%都发生在一岁之内，患儿如果超过1-2岁，一般很少有自愈的可能。
