如果腹泻、便秘交替出现可能有多种原因，需要做进一步检查，排除特殊疾病，进行针对性治疗。比如肠结核、家族性肠息肉、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、初期的恶性肿瘤等都容易出现腹泻、便秘交替出现。其中肠结核需要抗结核药物治疗，有时还伴有肺结核或者结核性瘘，要同时治疗才可，家族性肠息肉出现铺路石样影像，必要时必须手术治疗。
溃疡性结肠炎和肠易激综合征用中药、中草药辨证治疗效果较好。直肠癌早期也表现为腹泻、便秘交替出现，应该及时发现、早期治疗效果才好，早期用指诊检查很容易查得到，必要时做肠镜检查。有些年轻人交替进食辣的、生冷的食物也会造成大便忽干忽稀，同样能损害肠胃，应当纠正不良饮食习惯。
