传统的手术方式开胸直视修补以后比较多见的并发症，可能就是修补不彻底，补片不严实，其他涉及到的一些并发症，因为室间隔缺损手术方式已经非常成熟，除了新手上道，绝大多数比较成型的心脏中心，出现并发症的几率很低。
现在由于封堵术的开展，不管是经皮封堵还在经胸封堵，由于适应证的把控恰当与否，可能早期的探索，也发现把握得不是特别好的情况下出现的并发症，就是对主动脉瓣有影响。
后期主动脉瓣的磨损、主动脉瓣关闭不全以及选择的不合适如太大，或者各种方式、术型选择不合适导致的心律失常，左束支甚至进展为三度，这些并发症都有可能发生。但是相对随着技术的不断提高，并发症的几率是越来越低，尤其对于比较专业的儿童心脏中心来说就更少。
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