治睾丸炎最好的消炎药，是喹诺酮类，代表性的药物是左氧氟沙星，或者头孢类的抗生素，代表性的药物是头孢克洛。因为睾丸炎，大部分都是在睾丸曲细精管内的细菌感染所造成，这时泌尿生殖器的感染，和尿路感染的细菌差不多，都是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，还有变形杆菌，所以选择的消炎药抗生素，能够覆盖上述常见的细菌。
喹诺酮类药物，在尿中的浓度高，另外容易突破血精屏障，所以为治疗睾丸炎的首选用药。但是对于18岁以下的青少年睾丸炎患者，不推荐使用喹诺酮，因为会影响骨骼的发育。如果青少年没有头孢或者青霉素过敏史，可以处方头孢克洛。一般治疗睾丸炎的疗程，比常规的尿路感染时间长，可以用药2-3周，直到睾丸肿胀完全消失，病人的疼痛消失，才可以停药，否则容易复发。
