新生儿房间隔缺损依据缺损大小、患儿情况，可以选择不同治疗方式。如果患者仅仅是房间隔缺损，即新生儿表现为卵圆孔未闭状态，而且患儿哭闹不发生紫绀，能够正常哺乳、进行正常体力活动，这时首选长期观察。如果B超发现卵圆孔小于3mm的缺损，更要选择长期观察。因为有很大部分卵圆孔未闭患者，在新生儿期表现为房间隔缺损，随着年龄增长有自愈可能性。
如果房间隔缺损大于3mm且小于10mm，可以选择介入的治疗。因为介入属于创伤小的微创手术，可以通过血管放入伞状封堵器，封堵房间隔缺损，此种方法创伤小、恢复快。如果患儿房缺在10mm以上，同时伴有肺动脉高压，并且有紫绀等现象，这时要根据患儿的情况选择合适时机，尽早对患儿进行手术治疗。最终选择的治疗方式，还是要靠心脏外科医生根据患儿不同情况、病情以及医生熟悉的手术方式为患儿进行治疗。
