子宫内膜异位症的致病原因目前并不明确，其原因有几种学说，包括种植学说、淋巴及静脉播散、医源性种植、体腔上皮化生学说。

卵巢表面上皮、盆腔、腹膜均由胚胎期具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来，在受到卵巢激素和经血及慢性炎症反复刺激以后，能被激活转化为子宫内膜样组织。

诱导学说是指未分化的内膜组织，在内源性生物化学因素诱导下，可发展成为子宫内膜组织，种植内膜可以释放化学物质，诱导未分化的间充质形成子宫内膜异位组织。