隐形眼镜较大的弊端，是不规范操作导致的眼表感染。如果在配戴过程中手划伤眼睛表面，或者镜片本身由于保存原因藏污纳垢，则可以造成眼部表面局部感染，较严重的感染可以导致角膜化脓、溃烂，甚至导致失明。
隐形眼镜的规范化操作一定要注意并且掌握，通常隐形眼镜会有特殊的容器，需要倒入清洁药水，进行各方面的充分揉搓。在清洗隐形眼镜之前，双手需要洗干净，将隐形眼镜放在容器里洗干净，或者在手心里洗干净之后，要放置到干净的盒子里进行保存。配戴时要学习配戴方法，避免用任何硬器伤到眼睛表面，眼睛有完整的上皮是坚强的屏障，可以抵抗感染，如果眼睛被划伤同时又带进细菌，则会发生感染。
