未分化脊柱关节病的发病原因目前还不是十分清楚，据研究原因多种多样，首先有可能有遗传背景，有易感基因，其次很有可能是某种感染介导的免疫发生问题，自身的免疫系统发生紊乱发生的疾病。如有肠道感染，肠道菌群失调引起肠炎，这些都可能导致发病，导致发病以后，会出现关节症状，出现皮肤改变等表现。经过检查，如没有出现抗核抗体，见到类风湿因子也是阴性，人类白细胞抗原也是阳性，骶髂关节有炎症表现，都符合未分化脊柱关节病的表现或发生。未分化脊柱关节病的原因比较复杂和多样，很有可能有易感基因，加到外界环境的因素感染，最终导致免疫紊乱发病。
