囊肿的症状可以完全没有，也可以有胃肠道反应，如果囊肿扩大造成压迫。由于囊肿有一些功能，可以分泌雌孕激素而导致月经不调，因此囊肿可以有症状，也可以没有症状。
囊肿多数是在体检时或无意中发现，B超发现居多，医生在体检时用手检查发现一侧有囊肿，可以通过B超可以看到囊肿位置、大小，是来自卵巢还是子宫，此时还需查肿瘤标志物，看看是良性还是恶性。
至于临床症状，部分患者是由于胃肠道不适去其他科室检查偶尔发现，因此囊肿单纯靠症状来诊断并不非常适合，主要靠B超筛查。正常女性建议一年至少做一次B超检查，如果有肌瘤，则还要进一步缩短检查时间。囊肿有良恶性、生理性、病理性区分，因此多次B超有时是必要的。
