阴茎短小的临床诊断是指阴茎在勃起的状态下＜8cm，从而不能够完成正常的性生活，但多数情况下人们所说的阴茎短小很多都是主观症状，即主观上觉得自己的阴茎短小，但经客观的医学评估，阴茎的发育是在正常范围，若仅是主观上觉得阴茎短小，并不会影响生育，只要能够正常完成性生活，就完全有希望有自己的后代。
临床上有一类真正的阴茎短小是指勃起后阴茎＜8cm或者更小，不能完成正常、满意的性生活，从而影响到精子和卵子的结合，最终影响生育。这时需要采取医学干预，如通过手术、人工受孕等方法，使阴茎短小的患者有机会有自己的宝宝。另外，有部分阴茎短小是指在性生活的过程中满意度过低，这种情况下可辅助于某些药物达到生育的目的。
