若咽喉囊肿很小，它有可能持续多年不变，甚至不需要做手术，也不会引起明显的不适症状，观察即可。若咽喉囊肿持续增大，导致出现相关的不适症状，可以考虑手术切除。
咽喉囊肿最常见的是会厌囊肿，会厌舌面可以形成囊肿，当它比豆粒还小时，基本没有任何不良影响，不需要手术治疗，但如果增大到比花生米大时，可能出现咽喉异物感、堵塞感，甚至一定程度上吞咽会受到影响，此时考虑喉显微手术将其切除。其属于相对小但比较精细的手术，切除后即可治愈。
咽喉囊肿还包括声带囊肿，它类似于声带息肉，通过喉显微手术将声带囊肿切除后，便可恢复声带的光滑和锐度，从而改善声音嘶哑，得到更好的发音质量。此外，咽旁间隙的囊肿多数与腮腺囊肿有关，此手术相对较大，但也可以得到很好的治愈。
