婴儿做核磁共振时镇静剂多久开始生效，取决于用的镇静剂种类，具体如下：

1、常用的镇静剂：婴儿做核磁共振时最常用的镇静剂是水合氯醛，一般口服或灌肠水合氯醛后0.5小时左右开始生效。即婴儿喝了水合氯醛或水合氯醛灌肠0.5小时以后，基本上就进入深度的睡眠时期。但水合氯醛的作用对不同的婴儿也有差异，大多数婴儿是0.5小时起效，但有的婴儿可能喝完10多分钟就睡着；而有的婴儿可能要过40分钟、1小时才睡着。此外，对于过度兴奋的婴儿，还需要诱导睡眠，比如提前剥夺睡眠，提前让婴儿早晨早起一会，中午不让婴儿睡觉，然后下午做。此法有利于镇静剂生效，从而使婴儿迅速进入到睡眠时期，然后能够完成核磁共振检查。但是大多数婴儿使用水合氯醛和0.5个小时左右生效，所以一般要求在做核磁共振检查前0.5个小时，去口服水合氯醛或灌肠；

2、速效的镇静剂：但有的婴儿做磁共振检查时是用速效镇静剂，比如静脉镇静剂，如力月西(咪达唑仑注射液)。可能速效的镇静剂会即刻起作用，即推进一些药物之后迅速起效，可能1-3分钟婴儿就睡着。但速效的镇静剂都适合在医院里、在住院的情况下使用。因为速效的镇静剂作用快且副作用大，容易影响呼吸，所以必须要在医生监测的情况下使用。

因此，婴儿做核磁共振时镇静剂多久开始生效取决于选的镇静剂的种类，如速效镇静剂、常用镇静剂，二者的起效时间不同。但最常用的镇静剂是水合氯醛，一般0.5小时左右开始生效。