胆囊切除后会引起一些并发症，最常见的后遗症是消化功能障碍，患者容易出现腹泻。若胆结石发生在胆囊内，可能需要通过手术把胆囊一起切除。因为保胆取石很容易重新长结石，效果不佳。因为胆囊结石长期的炎症刺激，胆囊壁增厚，胆囊可能会有恶变风险。
随时间延长，胆总管可能会代偿部分功能，这种症状在半年或更长的时间可能会好转。此外，胆囊具有一定消化功能，远期结肠肿瘤发生率可能会增高。
总体而言，切除胆囊比不切除胆囊有更多益处。因为不切除胆囊结石会导致患者出现疼痛以及生活质量下降，还会带来其它并发症，如胆囊壁恶变、胆囊胆总管内瘘、穿孔等。
